Podstawowa procedura obsługi frezarki CNC zazwyczaj obejmuje włączenie zasilania, powrót do punktu odniesienia, wprowadzenie programu, mocowanie przedmiotu obrabianego, ustawienie narzędzia, obróbkę i wyłączenie. Podczas pracy należy przestrzegać procedur bezpieczeństwa, takich jak noszenie odpowiedniego sprzętu ochronnego i prawidłowe używanie przycisku zatrzymania awaryjnego. Panel sterowania systemu CNC składa się zwykle z monitora CRT, panelu MDI i panelu sterowania obrabiarki. Programowanie to niezbędna umiejętność obsługi frezarki CNC, obejmująca zarówno programowanie ręczne, jak i automatyczne.
Dobór parametrów skrawania musi uwzględniać pewne zasady: obróbka zgrubna ma na celu uzyskanie dużej wydajności usuwania metalu, natomiast obróbka wykańczająca ma na celu wysoką jakość powierzchni. Kluczowe parametry, takie jak prędkość skrawania Vc i posuw stołu F, można obliczyć za pomocą wzorów.
